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De época antigua se conservan diversos yacimientos, que denotan que existía un poblamiento anterior a época romana.
Esta zona fue conquistada por Alfonso I hacia el siglo XII. Se da como fecha de nacimiento de la población el año 1320. La historia de Aguaviva está vinculada a la Encomienda de Castellote, primero fue de la Orden del Santo Redentor, luego en 1196 pertenecía dicha encomienda a la orden del Temple, pero al declararse por decreto Papal la extinción de la orden, las tropas de Jaime II tomaron la población, convirtiéndose a partir de entonces en una encomienda sanjuanista.
A principios del siglo XVII, en 1613 se independiza de La Ginebrosa, ya que era barrio de esta población.
En cuanto a administración, Aguaviva ha formado parte, de forma sucesiva, a la Bailía de Castellote, a la sobrecullida de Alcañiz (1446-1495), a la vereda de Alcañiz (1646) y al corregimiento de Alcañiz (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Castellote, para incorporarse en 1965 al partido judicial de Alcañiz.
Durante la Primera Guerra Carlista se produjo en 1839 la batalla de Aguaviva, en la que se abatió la partida carlista de Luis Badoy.
El casco urbano de Aguaviva durante el siglo XVII formaba un recinto cerrado, sólo se accedía por cuatro portales. A mediados del siglo XIX sólo quedaban en pie el portal de San Miguel y el Portal de los Arcos.